今更ながら必要だったので作成。

以下のページを参考にさせて頂きました。
http://istb16.wordpress.com/2011/09/11/niconico_download_for_php/

goto構文使ってるのでphp5.3以上じゃないと動作しません。

<?php 
/**
 * ニコニコ動画保存用クラス
 * 
 * $nico = new niconicoMovieDownloader();
 * $nico->email = 'ログインメールアドレス';
 * $nico->password = 'ログインパスワード';
 * $nico->saveDir = '動画保存用ディレクトリ'; // 末端DS無し
 * $nico->tmpDir = '作業用ディレクトリ';　// 末端DS無し
 * $res = $nico->download('sm*******');
 * 
 * @author Owner
 *
 */
class niconicoMovieDownloader {
	
	// ログイン用メールアドレス
	public $email = '';
	
	// ログインパスワード
	public $password = '';
	
	// 動画保存ディレクトリ（末端スラッシュ無し）
	public $saveDir = '';
	
	// 一時作業ディレクトリ（末端スラッシュ無し）
	public $tmpDir = '';
	
	// 動画ID（sm****）
	protected $mid = '';
	
	// 送信ヘッダーの入れ物
	protected $headers = array();
	
	// エラーメッセージの入れ物
	protected $errors = array();
	 
	// input要素の名前設定（メールアドレス欄）
	protected $formNameEmail = 'mail_tel';
	
	// input要素の名前設定（パスワード欄）
	protected $formNamePassword = 'password';
	
	// input要素の名前設定（移動先URL欄）
	protected $formNameNextUrl = 'next_url';
	
	// ニコニコ動画ログインポストURL。間違えると動画ページを取得できないので注意。
	protected $loginUrl = 'https://secure.nicovideo.jp/secure/login?site=niconico';
	
	// 動画ページのURL設定
	protected $watchUrl = 'http://www.nicovideo.jp/watch';
	
	// ダウンロードURLを割り出すAPIの設定
	protected $apiUrl = 'http://flapi.nicovideo.jp/api/getflv';
	
	/**
	 * インスタンス生成時、送信ヘッダーを設定
	 */
	public function __construct() {
		$this->headers[] = 'Connection: keep-alive';
		$this->headers[] = 'Accept: text/html,application/xhtml+xml,application/xml;q=0.9,*/*;q=0.8';
		$this->headers[] = 'User-Agent: Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/28.0.1500.95 Safari/537.36';
		$this->headers[] = 'Referer: http://www.nicovideo.jp/';
		$this->headers[] = 'Accept-Language: ja,en-US;q=0.8,en;q=0.6';
	}
	
	/**
	 * ダウンロードの実行
	 * @param string $mid
	 * @return multitype:|boolean
	 */
	public function download($mid = null) {
		$this->mid = $mid;
		$this->checkParams();
		if(!empty($this->errors)) return $this->errors;
		// cookieを持ちまわすためのファイルパスを指定
		$tmpCookiePath = $this->tmpDir . DIRECTORY_SEPARATOR . '_cookie';
		$tmpWorkPath = $this->tmpDir . DIRECTORY_SEPARATOR . md5(microtime());
		$headerFilePath = $this->tmpDir . DIRECTORY_SEPARATOR . 'h_' . $this->mid;
		self::tp($tmpCookiePath);
		self::tp($tmpWorkPath);
		self::tp($headerFilePath);
		
		$params = array(
				$this->formNameEmail => $this->email,
				$this->formNamePassword => $this->password,
				$this->formNameNextUrl => $this->watchUrl . DIRECTORY_SEPARATOR . $this->mid
		);
		$ch = curl_init();
		//curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, $this->headers);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_COOKIEJAR, $tmpCookiePath);
		//curl_setopt($ch, CURLOPT_COOKIEFILE, $tmpCookiePath);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, $this->loginUrl);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_POST, true);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_POSTFIELDS, $params);
		
		$output = curl_exec($ch);
		
		$params = array('v' => $this->mid);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, $this->apiUrl);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPGET, true);
		curl_setopt($ch, CURLOPT_POSTFIELDS, $params);
		
		$output = curl_exec($ch);
		
		// DLリンクの解析
		preg_match("'url=(.*?)&link'", urldecode($output), $m);
		if(empty($m)) goto exception;
		
		curl_setopt($ch, CURLOPT_POSTFIELDS, array());
		curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, $m[1]);
				
		// 動画DLセクション
		$execResult = false;
		$hdFp = fopen($headerFilePath, 'w');
		if($hdFp) {
			//プロセス実行中でも書き込んでくれるWRITEHEADERを利用
			curl_setopt($ch, CURLOPT_WRITEHEADER, $hdFp);
			$twFp = fopen($tmpWorkPath, 'wb');
			if($twFp) {
				curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, false);
				curl_setopt($ch, CURLOPT_FILE, $twFp);
				$execResult = curl_exec($ch);
				curl_close($ch);
				fclose($twFp);
			}
			fclose($hdFp);
		}
		if(!$execResult) goto exception;
		
		// headerFileの解析（ファイルタイプ、拡張子を取得）
		$contentType = self::parseHeaderFile($headerFilePath);
		$ext = self::getFileExtension($contentType);
		
		// 実ファイルのパスを指定（お名前指定）
		$filePath = $this->saveDir . DIRECTORY_SEPARATOR . $this->mid . $ext;
		// ファイル移動
		rename($tmpWorkPath, $filePath);
		
		// 作業ファイル削除
		self::u($tmpCookiePath);
		self::u($tmpWorkPath);
		self::u($headerFilePath);
		return true;
		
		if(false) {
			exception:
			self::u($tmpCookiePath);
			self::u($tmpWorkPath);
			self::u($headerFilePath);
			curl_close($ch);
			return false;
		}	
	}
	
	/**
	 * ファイルの存在確認と作成、及び権限の付与
	 * @param unknown $path
	 */
	protected function tp($path) {
		if(!file_exists($path)) touch($path);
		chmod($path, 0777);
	}
	
	/**
	 * ファイルの存在確認と削除
	 * @param unknown $path
	 */
	protected function u($path) {
		if(file_exists($path)) unlink($path);
	}

	/**
	 * パラメーターチェック
	 */
	protected function checkParams() {
		if(!self::validateEmail($this->email)) array_push($this->errors, 'please check your email address.');
		if(empty($this->password)) array_push($this->errors, 'password is required but not set.');
		if(!is_dir($this->saveDir)) array_push($this->errors, 'saveDir must be a directory.');
		if(fileperms($this->saveDir) != '16895') array_push($this->errors, 'saveDir required to be permission 777.');
		if(!is_dir($this->tmpDir)) array_push($this->errors, 'tmpDir must be a directory.');
		if(fileperms($this->tmpDir) != '16895') array_push($this->errors, 'tmpDir required to be permission 777.');
		if(empty($this->mid)) array_push($this->errors, 'mid is required but not set.');
		if(!self::validateMid($this->mid)) array_push($this->errors, 'ID starting from nm is not allowed (sm****** only).');
	}
	
	/**
	 * メールアドレスのバリデーション
	 * @param unknown $check
	 * @return boolean
	 */
	protected function validateEmail($check) {
		$hostname = '(?:[_a-z0-9][-_a-z0-9]*\.)*(?:[a-z0-9][-a-z0-9]{0,62})\.(?:(?:[a-z]{2}\.)?[a-z]{2,})';
		$regex = '/^[a-z0-9!#$%&\'*+\/=?^_`{|}~-]+(?:\.[a-z0-9!#$%&\'*+\/=?^_`{|}~-]+)*@' . $hostname . '$/i';
		if (preg_match($regex, $check)) return true;
		return false;
	}
	
	/**
	 * 動画IDの正規バリデーション
	 * @param unknown $check
	 * @return boolean
	 */
	protected function validateMid($check) {
		$regex = '/^(sm)[0-9]+$/';
		if (preg_match($regex, $check)) return true;
		return false;
	}
	
	/**
	 * ヘッダーファイルの情報を解析
	 * @param unknown $path
	 * @return Ambigous <NULL, string>
	 */
	protected function parseHeaderFile($path) {
		$hd = file_get_contents($path);
		$ct = null;
		$k = 'Content-Type:';
		$st = stripos($hd, $k);
		if($st !== false) {
			$st += strlen($k);
			$ed = strpos($hd, "\n", $st);
			if($ed === false) $ed = strlen($hd);
			$l = $ed - $st;
			$ct = strtolower(trim(substr($hd, $st, $l)));
		}
		return $ct;	
	}
	
	/**
	 * コンテントタイプより動画ファイルの拡張子を分析し返却
	 * @param unknown $ct
	 * @return string
	 */
	protected function getFileExtension($ct) {
		$e = '';
		switch($ct) {
			case 'video/3gpp':
				$e = '.3gp';
				return $e;
			case 'video/mp4':
				$e = '.mp4';
				return $e;
			case 'video/x-flv':
			default:
				$e = '.flv';
				return $e;
		}
	}
}

コメントアウトにもあるけど、使い方は以下の通り。

$nico = new niconicoMovieDownloader();
$nico->email = 'ログインメールアドレス';
$nico->password = 'ログインパスワード';
$nico->saveDir = '動画保存用ディレクトリ'; // 末端DS無し
$nico->tmpDir = '作業用ディレクトリ';　// 末端DS無し
$res = $nico->download('sm*******');

気が向いたら動画再生ページのパーサー実装しようかな。