めも。

// 警告文を出す際のなんらかの条件式
if(true) {
	// コンソール上に表示する出力文
	echo '警告文 [y/n] : ';
	$input = null;
	while(1) {
		$input = fgets(STDIN, 4096);
		if($input == "n\n" || $input == "no\n") {
			// 処理を終了する
			die();
		}
		if($input == "y\n" || $input == "yes\n") {
			// 処理を続行する
			break;
		}
		echo '[y] [yes] [n] [no] のいずれかを入力してください : '; 
	}
}

こんな感じでOK。
ちなみにSTDINはstdinへのオープン済みストリーム。そのためfopenなどでのストリームオープン無しに利用することが可能。
fgets(STDIN)とするとその地点で入力待機状態になるため、コンソール上から値を入力することができる。