1, まずはiPhone用とiPad用のアイコンをそれぞれ用意。iPhone用は114x114px、iPad用は144x144pxで作成し、拡張子はPNGで保存する。
2, 次に公開ディレクトリに作成したPNGをアップロード。
3, 以下のようにheadタグ内にlinkタグを追加してやる。

<!--iPhone用-->
<link href="apple-touch-icon-114x114.png" type="image/x-icon" rel="apple-touch-icon" size="114x114" />
<!--iPad用-->
<link href="apple-touch-icon-144x144.png" type="image/x-icon" rel="apple-touch-icon" size="144x144" />

以上！
意外と簡単。