時は下記のようにすればOK。
http://stackoverflow.com/questions/3542243/doctrine2-best-way-to-handle-many-to-many-with-extra-columns-in-reference-table
安定のstackさん。
One-to-ManyとMany-to-Oneを用いて自分でリレーションテーブルを定義してやればよい。