setUp()メソッドなどで下記のようにする。
$loader = new Doctrine\Common\DataFixtures\Loader;
$loader->loadFromDirectory('/path/to/MyDataFixtures');
$purger = new Doctrine\Common\DataFixtures\Purger\ORMPurger($em);
$executor = new Doctrine\Common\DataFixtures\Executor\ORMExecutor($em, $purger);
$executor->execute($loader->getFixtures());
詳細は下記公式を参照。
https://github.com/doctrine/data-fixtures#readme