エンティティクラスのアノテーションで下記のような感じで指定してやればOK。
例）
deletedAtカラムを論理削除管理カラムとして使用する場合。
use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
use Gedmo\Mapping\Annotation as Gedmo;
/**
* User
*
* @ORM\Table(name="users")
* @Gedmo\SoftDeleteable(fieldName="deletedAt", timeAware=false)
*/
class User
{
}