またかよ。って感じだけども。
下記もymlで定義してあげないとだめっぽい。

doctrine:
    orm:
        auto_generate_proxy_classes: %kernel.debug%
        entity_managers:
           default:
               auto_mapping: true
               mappings:
                   StofDoctrineExtensionsBundle: ~
               filters:
                   softdeleteable:
                       class: Gedmo\SoftDeleteable\Filter\SoftDeleteableFilter
                       enabled: true

stof_doctrine_extensions:
    default_locale: ja_JP
    orm:
        default:
            #timestampもやるならココ 
            timestampable: true
            softdeleteable: true