mysqldumpコマンドを使う際、--ignore-tableオプションを用いると、dumpしたくないテーブルを指定することが出来る。
例）
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mysqldump -u root -p db_name --ignore-table=db_name.hoge > dump.sql |
と言った感じ。
複数テーブルを除外したければ--ignore-tableオプションを複数回書いてあげればいい。
例）
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mysqldump -u root -p db_name --ignore-table=db_name.hoge --ignore-table=db_name.fuga > dump.sql |
※この際テーブル名にデータベース名のプレフィックスを付けてやらないとダメなので注意されたし。