まずは、特定の一文字を取り除く方法。

var str = '123,000,000,000';
res = str.replace(/,/, '');
console.log(res);
↓
// 123000,000,000

上記は文字列中のカンマ（,）を取り除く場合の例。一番最初に発見したカンマのみ空白文字に置換、文字列を返却して終了。

次に、文字列中全てのカンマを取り除きたい場合。
正規表現の最後にオプションを指定することで、ヒットした全ての文字を置換することが可能。

var str = '123,000,000,000';
res = str.replace(/,/g, '');
console.log(res);
↓
// 123000000000

2行目の通り、正規表現の最後に「g」オプションを渡してやることで再帰的に対象文字列を置換してくれる。