まずはservice.ymlで下記のように定義。

services:
    your.service:
        class: YourVendor\YourBundle\Service\YourService
        arguments: [ @doctrine.orm.entity_manager ]

そしてサービスはこんな感じ。

namespace ...\Service;

use Doctrine\ORM\EntityManager;

class YourService
{ 
    protected $em;

    public function __construct(EntityManager $em)
    {
        $this->em = $em;
    }
}

完璧だね。