gitプロジェクトの中に別のgitリポジトリを参照しているものが含まれる場合（これがgit submodule）、
本体をcloneしただけだとサブモジュール内のファイルが取得されていないので下記コマンドを実行してやる必要がある。
git submodule update
これで取得されたはず。たぶん。
※違ったら修正します。
あとサブモジュールが含まれるプロジェクトで「git status」をしたときにmodifiedが消えなくてうざいときは、
そのサブモジュールフォルダまで移動して「git checkout .」とかを実行して変更を差し戻してやれば消える。